Pour chacune des 4 thématiques ci-dessus sont appliqués des indicateurs pour lesquels une notation est évaluée par le certificateur. Pour chaque thème et dans différents items, un « bonus » en points est affecté selon des niveaux de « bonnes pratiques environnementales”. En fonction de cette notation par items, donc du nombre de « points bonus » obtenus, l’exploitant valide une thématique et lorsque les 4 thématiques sont validées, il peut être certifié HVE.
Pour être certifié niveau 3, donc HVE , il y a donc pour l’exploitant une obligation de résultats quant au respect des seuils définis par les différents indicateurs. Selon ce principe de notation, il faut noter que les traitements phytosanitaires sont autorisés, seule la limitation de leur fréquence est notée: on peut donc traiter son vignoble, mais si on le traite moins que la moyenne régionale, on aura quand même des points bonus…